小腸:十二指腸では、総胆管を通った胆液や膵管を通った膵液が出て、消化の働きをする。空腸では、腸液が分泌される。回腸では、柔突起で養分が吸収される。また、食物とともに飲み込まれた空気などの気体も、ここで吸収される。
大腸:栄養分が吸収された後の食物が運ばれ水分を吸収する。もしここに問題があると、下痢になる可能性が高くなる。蠕動運動と逆蠕動運動によって、小腸から運ばれる内容物をある一定の時間とどめておくことができ、水分を効率よく吸収できる仕組みになっている。しかし、ここに内容物がとどまる時間が長すぎると、水分の吸収が過剰になされ便秘を引き起こす。これらの運動は自律神経系に支配されており、直接には大脳の支配を受けない。ちなみに、虫垂は昔は役割があったようだが、今はあまり意味の無い存在となっている。
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